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マクロ生物学徒の備忘録

某国立大で進化生態学を学ぶポンコツ研究者の備忘録

ポスターデザインの配色を考える|基本編

はじめに 学会発表用のポスターを作るとき、色使いに気を使っている人はどれくらいいるだろうか。 正直、適当に配色してもまあまあ伝わるポスターが作れる。 それよりも文字や図の配置、フォントなどに気を配った方が伝わるポスターになる。 人に伝えるとい…

Wineを使ってArlequinを起動する|OS X ElCapitan (10.11.6)

はじめに 集団遺伝学ツールとして有名なArlequin(アルルカン)。 HW平衡からの逸脱を調べたり、遺伝構造の階層を見たりと、何かと重宝する。 しかし、Windows専用というのが、なかなかめんどくさい。 そこで、WineをインストールしてMac上でWindowsソフトを…

研究者のためのAlfredの設定

はじめに Alfredとは、言わずと知れたランチャーアプリ。 アプリの起動はもちろん、ファイルやメールなどの検索もこなしてしまう優れものだ。 Alfredを入れていないMacはMacではないと言い切る人もいるほど、定番アプリとして名高い。 ダウンロードは↓からで…

学会発表用ポスターを美しくするためのコツ

はじめに まず、こちらのサイトを熟読すべし。 伝わるデザイン|研究発表のユニバーサルデザイン 「伝える」という目的のためには、このサイトに書いてあることがすべてだと思う。 まだ見たことがない人は今すぐ読むべし。本当に。まじで。 よくまとまってお…

pyRADの使い方

はじめに pyRADって何?どうやってインストールするの?って方はこちら↓ pyRADのインストール|OS X ElCapitan (10.11.6) - マクロ生物学徒の備忘録 ここではインストールが済んでいる前提で書きます。 pyRADの使い方は公式サイトのチュートリアルにわりとわ…

PATHを通す方法|mac OS Xの場合

PATHを通すとは? こちらを参照に。 「PATHを通す」ってどういうこと? - マクロ生物学徒の備忘録 流れ ざっくりとした流れは以下の通りである。 ・パスを通すべきディレクトリの場所を取得する ・.bash_profileを好きなテキストエディタで開く ・文を付け加…

pyRADのインストール|OS X ElCapitan (10.11.6)

pyRADとは 集団遺伝学用の解析ツール。 次世代シーケンサで取得した大量のfastqファイルをde novoでアセンブリして、SNPs情報をアウトプットする。 アウトプットの形式は .nex .phy .str .vcf など、幅広く対応している。 似たようなソフトにStacksがあるが…

plinkでペアワイズ連鎖不平衡解析|非モデル生物の場合

はじめに RAD-seqやMIG-seqなどで取得できるSNP情報は、もろもろの解析に使用する前に連鎖不平衡を調べて除去してやる必要がある。 ここではplinkを使用してSNP間の相関係数をペアワイズで計算し、閾値(こちらで設定できる)よりも相関係数が大きな組み合わ…

plinkのインストール|OS X ElCapitan (10.11.6)

plinkとは? GWAS解析やQTL解析などに使える便利ツール。 HW平衡からの逸脱や、連鎖不平衡の解析もやってくれるとか。 詳しくはこれから勉強するところ。 インストール とても簡単。ダウンロードして、解凍して、パスを通すだけ。 PLINK: Whole genome data …

「PATHを通す」ってどういうこと?

はじめに この項では、具体的にPATHを通す方法は書いてません。 「PATHを通す」とは、どういうことなのかを解説します。 PATHの通し方はこちら↓ PATHを通す方法|mac OS Xの場合 - マクロ生物学徒の備忘録 予備知識として… macでは、ターミナルを使用して様…

FASTX-toolkitのインストール|OS X ElCapitan (10.11.6)

FASTX-toolkitとは? FASTX-toolkitはターミナル上で動き、次世代シーケンサによって得られるfastq形式のファイルから、クオリティの低い配列を除去してくれる便利なやつ。 アライメントソフトもクオリティが低いものは使わないようになっていることが多いが…