読者です 読者をやめる 読者になる 読者になる

マクロ生物学徒の備忘録

某国立大で進化生態学を学ぶポンコツ研究者の備忘録

plinkでペアワイズ連鎖不平衡解析|非モデル生物の場合

はじめに RAD-seqやMIG-seqなどで取得できるSNP情報は、もろもろの解析に使用する前に連鎖不平衡を調べて除去してやる必要がある。 ここではplinkを使用してSNP間の相関係数をペアワイズで計算し、閾値(こちらで設定できる)よりも相関係数が大きな組み合わ…

plinkのインストール|OS X ElCapitan (10.11.6)

plinkとは? GWAS解析やQTL解析などに使える便利ツール。 HW平衡からの逸脱や、連鎖不平衡の解析もやってくれるとか。 詳しくはこれから勉強するところ。 インストール とても簡単。ダウンロードして、解凍して、パスを通すだけ。 PLINK: Whole genome data …