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マクロ生物学徒の備忘録

某国立大で進化生態学を学ぶポンコツ研究者の備忘録

pyRADの使い方

はじめに pyRADって何?どうやってインストールするの?って方はこちら↓ pyRADのインストール|OS X ElCapitan (10.11.6) - マクロ生物学徒の備忘録 ここではインストールが済んでいる前提で書きます。 pyRADの使い方は公式サイトのチュートリアルにわりとわ…

pyRADのインストール|OS X ElCapitan (10.11.6)

pyRADとは 集団遺伝学用の解析ツール。 次世代シーケンサで取得した大量のfastqファイルをde novoでアセンブリして、SNPs情報をアウトプットする。 アウトプットの形式は .nex .phy .str .vcf など、幅広く対応している。 似たようなソフトにStacksがあるが…