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マクロ生物学徒の備忘録

某国立大で進化生態学を学ぶポンコツ研究者の備忘録

FASTX-toolkitのインストール|OS X ElCapitan (10.11.6)

FASTX-toolkitとは?

FASTX-toolkitはターミナル上で動き、次世代シーケンサによって得られるfastq形式のファイルから、クオリティの低い配列を除去してくれる便利なやつ。

アライメントソフトもクオリティが低いものは使わないようになっていることが多いが、除去の仕方が荒っぽい(?)ので、あらかじめFASTX-toolkitで細かく条件を指定して除去した方が、結局使えるリード数が増え、アライメントが上手くいきやすい。そんな気がする。

 

流れ

FASTX-toolkitのインストールの前にlibgtextutilsと最新版のpkg-configをインストールする必要がある。

この2つをダウンロード&インストールしてからFASTX-toolkitのインストールに進む。

すでに/usr/local/binにパスが通っている前提で、ここにインストールする。

 参考にしたサイト

FASTX-toolkit | FASTQクオリティコントロールやFASTAファイルへの変換など

OS X 10.11ではrootでも/usrや/bin以下に書き込みできない | スラド アップル

0から始めるNGSデータ解析メモ : FASTX-Toolkitのインストール

 

ダウンロード

FASTX-Toolkit - Download page

ここから最新版のlibgtextutils-x.x.x.tar.gzとfastx_toolkit-x.x.x.tar.bz2をダウンロードする
→今回はlibgtextutils-0.7.tar.gzとfastx_toolkit-0.0.14.tar.bz2をダウンロード

http:// https://pkg-config.freedesktop.org/releases/

ここから最新版のpkg-config-x.x.x.tar.gzをインストール
→今回はpkg-config-0.29.1.tar.gzをダウンロード

 

解凍
適当なディレクトリに解凍する
デスクトップとかは邪魔になるのでやめといた方がいい
自分は↓のようなディレクトリを作ってそこに放り込んでる
~/Analysis
→~/Analysisの中に、libgtextutils-0.7とfastx_toolkit-0.0.14とpkg-config-0.29.1がある状態

 

libgtextutilsのインストール
ターミナルを開いて解凍してできたディレクトリ(libgtextutils-0.7)の中に移動する

cd ~/Analysis/libgtextutils-0.7
sudo ./configure --prefix=/usr/local

→~/Analysis/libgtextutils-0.7の中ににMakefileというファイルができたはず

sudo make

※パスワードを要求されたらログイン時に必要なパスワードを入力する(以下同様)

sudo make install

→/usr/local/libの中にlibgtextutils-0.7.0.dylibというファイルができていれば成功
※/usrディレクトリは隠しディレクト

 

pkg-configのインストール

cd ~/Analysis/pkg-config-0.29.1/
./configure --prefix=/usr/local --with-internal-glib

→pkg-config-0.29.1ディレクトリ内にMakefileというファイルができたはず

make
sudo make install

→/usr/local/binの中にpkg-configというファイルがあるはず

pkg-config -h

→Help Optionsが表示されれば成功
※もし、./configureの時に/usr/local以外の場所を指定していたら、そこのbinディレクトリにパスを通す必要がある

 

fastx_toolkitのインストール

cd ~/Analysis/fastx_toolkit-0.0.14/
./configure --prefix=/usr/local

※pkg-configにパスが通ってなかったり、古かったりすると↓のようなエラーが表示される 

configure: error: The pkg-config script could not be found or is too old.  Make sure it
is in your PATH or set the PKG_CONFIG environment variable to the full
path to pkg-config.

Alternatively, you may set the environment variables GTEXTUTILS_CFLAGS
and GTEXTUTILS_LIBS to avoid the need to call pkg-config.
See the pkg-config man page for more details.

To get pkg-config, see <http://pkg-config.freedesktop.org/>.
See `config.log' for more details

エラーが出てなかったらうまくいってる

make
sudo make install
fastx_trimmer -h

→Helpが表示されれば成功