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マクロ生物学徒の備忘録

某国立大で進化生態学を学ぶポンコツ研究者の備忘録

plinkのインストール|OS X ElCapitan (10.11.6)

NGSデータ解析 plink

plinkとは?

GWAS解析やQTL解析などに使える便利ツール。

HW平衡からの逸脱や、連鎖不平衡の解析もやってくれるとか。

詳しくはこれから勉強するところ。

 

インストール

とても簡単。ダウンロードして、解凍して、パスを通すだけ。

 

PLINK: Whole genome data analysis toolset

ここからmac用をダウンロード

今回はplink-1.07-mac-intel.zip

 

これを好きなところに解凍する

自分の場合はここ↓

~/Analysis/plink-1.07-mac-intel

 

このディレクトリにパスを通せば完了

cd
nano .bash_profile

で、以下の一文を追加

PATH=${PATH}:"/Users/〇〇/Analysis/plink-1.07-mac-intel"

※〇〇にはusernameが入る

で、保存して再ログイン

これでターミナル上でplinkコマンドが使えるようになる