pyRADのインストール｜OS X ElCapitan (10.11.6)
pyRADとは
集団遺伝学用の解析ツール。
次世代シーケンサで取得した大量のfastqファイルをde novoでアセンブリして、SNPs情報をアウトプットする。
アウトプットの形式は
.nex .phy .str .vcf
など、幅広く対応している。
似たようなソフトにStacksがあるが、pyRADはインデルを考慮してくれるという点で優れている。
pyRADの方が細かい条件設定がしやすいが、そのせいで若干わかりにくいという噂。
（Stacksは使ってないのであまり知りませんが）
リファレンスの指定は出来ない（たぶん）。
当然、マッピングもやってくれない。
pythonという言語で書かれているため、pythonの環境を整える必要がある。つまりインストールがやや面倒。
公式サイトはこちら↓
ここのチュートリアルを見れば詳しい説明が書いてます。
流れ
OS X ElCapitan (10.11.6)に一からインストールしていく。
まず、pythonの環境を整えるために必要な諸々をインストールする。
すでにインストール済みの人は適宜とばしてください。
その後、pyRADに必要な諸々と本体をインストール。
ちなみに、この方法だとpyRADを使用する前に毎回pythonの仮想環境を立ち上げる必要がある。
pythonの環境を整える
もともと、最近のmacにはpython2.7がインストールされている。
なので、以下の手順は概ね仮想環境の立ちあげに必要なものをインストールするステップ。
cd ~/Analysisインストールしたいディレクトリに移動（どこでもよい）
sudo python2.7 -m ensurepip
sudo pip2.7 install virtualenv
virtualenv -p python2.7 --no-site-packages py27
source ./py27/bin/activate※sudoコマンドの後には、パスワードを求められる。ユーザーログインに使用しているパスワードを入力する。
→ターミナルに(py27)が表示されるようになれば成功
pip install numpy
pip install scipyこれで完了。
pyRADをインストールする
pyRADに必要なソフトはvsearchとmuscleの２つ。
さらにvsearchのインストールにはautoconfとautomakeの２つが必要になる。
よってこれら計４つとpyRADのインストールをおこなう。
まずautoconfのインストールから。
2016年８月現在、最新版は2.69。
それ以降のものをダウンロードした場合は「2.69」の部分を書き換えてもらえれば。
cd ~/Analysisインストールしたいディレクトリに移動（どこでもよい）
curl -O http://ftp.gnu.org/gnu/autoconf/autoconf-latest.tar.gz
tar xvfz autoconf-latest.tar.gz
cd autoconf-2.69/
./configure
make
sudo make installこれで完了。
次にautomakeのインストール。
ちなみにautomakeのインストールには、先ほどのautoconfが必要になる。
2016年８月現在、最新版は1.15。
それ以降のものをダウンロードした場合は「1.15」の部分を書き換えてもらえれば。
cd ~/Analysisインストールしたいディレクトリに移動（どこでもよい）
curl -O http://ftp.gnu.org/gnu/automake/automake-1.15.tar.gz
tar xvfz automake-1.15.tar.gz
cd automake-1.15/
./configure
make
sudo make installこれで完了。
autoconfとautomakeがインストールできたのでvsearchをインストールする。
cd ~/Analysisインストールしたいディレクトリに移動（どこでもよい）
git clone https://github.com/torognes/vsearch
cd vsearch
./autogen.sh
./configure
make
sudo make installこれでvsearchのインストールが完了した。
次にmuscleのインストール。
http://www.drive5.com/muscle/downloads.htm
ここからダウンロードできる。
それぞれにあったものをダウンロードすればよい。
ここではmuscle3.8.31_i86darwin64.tar.gzをダウンロード・解凍する。
curl -O http://www.drive5.com/muscle/downloads3.8.31/muscle3.8.31_i86darwin64.tar.gz
tar xvfz muscle3.8.31_i86darwin64.tar.gz
rm muscle3.8.31_i86darwin64.tar.gz名前が長いので簡略化。
mv muscle3.8.31_i86darwin64 muscle※pyRADを動かすときにmuscleを動かすコマンドを打ち込む必要がある。ここでファイル名を変更しないと、いちいち「muscle3.8.31_i86darwin64」という長ったらしいコマンドを打つはめになる。とてもめんどくさいので、ここでリネームすべし。
解凍したファイルをすでにパスが通っているところ（どこでもいい）へ移動させる。
ここでは/usr/local/bin/にパスが通っている前提で。
sudo mv muscle /usr/local/bin/※もちろん、muscleを解凍した場所にパスを通しても良い。
いよいよpyRAD本体のインストール。
cd ~/Analysisインストールしたいディレクトリに移動（どこでもよい）
git clone https://github.com/dereneaton/pyrad.git
python ./pyrad/pyrad/pyRAD.py -h※(py27)が表示されていなければ、うまくいかない。詳細は↓に。
→ヘルプが出れば成功
使用にあたって注意事項
pyRADを使用する前に必ず毎回仮想環境を立ち上げる必要がある。
つまり、ターミナル上に
(py27)
が表示されていないと使えない。
仮想環境の立ち上げのコマンドは
source ~/Analysis/py27/bin/activate※virtualenvをインストールした場所を指定
で、仮想環境を終わらせたいときは
deactivateと打てば終了できる。
