読者です 読者をやめる 読者になる 読者になる

マクロ生物学徒の備忘録

某国立大で進化生態学を学ぶポンコツ研究者の備忘録

pyRADのインストール|OS X ElCapitan (10.11.6)

NGSデータ解析 pyRAD

pyRADとは

集団遺伝学用の解析ツール。

次世代シーケンサで取得した大量のfastqファイルをde novoでアセンブリして、SNPs情報をアウトプットする。

アウトプットの形式は

.nex .phy .str .vcf

など、幅広く対応している。

 

似たようなソフトにStacksがあるが、pyRADはインデルを考慮してくれるという点で優れている。

pyRADの方が細かい条件設定がしやすいが、そのせいで若干わかりにくいという噂。

(Stacksは使ってないのであまり知りませんが)

 

リファレンスの指定は出来ない(たぶん)。

当然、マッピングもやってくれない。

 

pythonという言語で書かれているため、pythonの環境を整える必要がある。つまりインストールがやや面倒。

 

公式サイトはこちら↓

pyrad – Deren Eaton

ここのチュートリアルを見れば詳しい説明が書いてます。

 

流れ

OS X ElCapitan (10.11.6)に一からインストールしていく。

まず、pythonの環境を整えるために必要な諸々をインストールする。

すでにインストール済みの人は適宜とばしてください。

その後、pyRADに必要な諸々と本体をインストール。

ちなみに、この方法だとpyRADを使用する前に毎回pythonの仮想環境を立ち上げる必要がある。

 

pythonの環境を整える

もともと、最近のmacにはpython2.7がインストールされている。

なので、以下の手順は概ね仮想環境の立ちあげに必要なものをインストールするステップ。

cd ~/Analysis

インストールしたいディレクトリに移動(どこでもよい)

sudo python2.7 -m ensurepip
sudo pip2.7 install virtualenv
virtualenv -p python2.7 --no-site-packages py27
source ./py27/bin/activate

※sudoコマンドの後には、パスワードを求められる。ユーザーログインに使用しているパスワードを入力する。

→ターミナルに(py27)が表示されるようになれば成功

pip install numpy
pip install scipy

これで完了。

 

pyRADをインストールする

pyRADに必要なソフトはvsearchとmuscleの2つ。

さらにvsearchのインストールにはautoconfとautomakeの2つが必要になる。

よってこれら計4つとpyRADのインストールをおこなう。

 

まずautoconfのインストールから。

2016年8月現在、最新版は2.69。

それ以降のものをダウンロードした場合は「2.69」の部分を書き換えてもらえれば。

cd ~/Analysis

インストールしたいディレクトリに移動(どこでもよい)

curl -O http://ftp.gnu.org/gnu/autoconf/autoconf-latest.tar.gz
tar xvfz autoconf-latest.tar.gz
cd autoconf-2.69/
./configure
make
sudo make install

これで完了。

 

次にautomakeのインストール。

ちなみにautomakeのインストールには、先ほどのautoconfが必要になる。

2016年8月現在、最新版は1.15。

それ以降のものをダウンロードした場合は「1.15」の部分を書き換えてもらえれば。

cd ~/Analysis

インストールしたいディレクトリに移動(どこでもよい)

curl -O http://ftp.gnu.org/gnu/automake/automake-1.15.tar.gz
tar xvfz automake-1.15.tar.gz
cd automake-1.15/
./configure
make
sudo make install

これで完了。

 

autoconfとautomakeがインストールできたのでvsearchをインストールする。

cd ~/Analysis

インストールしたいディレクトリに移動(どこでもよい)

git clone https://github.com/torognes/vsearch
cd vsearch
./autogen.sh
./configure
make
sudo make install

これでvsearchのインストールが完了した。

 

次にmuscleのインストール。

http://www.drive5.com/muscle/downloads.htm

ここからダウンロードできる。

それぞれにあったものをダウンロードすればよい。

ここではmuscle3.8.31_i86darwin64.tar.gzをダウンロード・解凍する。

curl -O http://www.drive5.com/muscle/downloads3.8.31/muscle3.8.31_i86darwin64.tar.gz
tar xvfz muscle3.8.31_i86darwin64.tar.gz
rm muscle3.8.31_i86darwin64.tar.gz

名前が長いので簡略化。

mv muscle3.8.31_i86darwin64 muscle

※pyRADを動かすときにmuscleを動かすコマンドを打ち込む必要がある。ここでファイル名を変更しないと、いちいち「muscle3.8.31_i86darwin64」という長ったらしいコマンドを打つはめになる。とてもめんどくさいので、ここでリネームすべし。

解凍したファイルをすでにパスが通っているところ(どこでもいい)へ移動させる。

ここでは/usr/local/bin/にパスが通っている前提で。

sudo mv muscle /usr/local/bin/

※もちろん、muscleを解凍した場所にパスを通しても良い。

 

いよいよpyRAD本体のインストール。

cd ~/Analysis

インストールしたいディレクトリに移動(どこでもよい)

git clone https://github.com/dereneaton/pyrad.git
python ./pyrad/pyrad/pyRAD.py -h

※(py27)が表示されていなければ、うまくいかない。詳細は↓に。

 →ヘルプが出れば成功

 

使用にあたって注意事項

pyRADを使用する前に必ず毎回仮想環境を立ち上げる必要がある。

つまり、ターミナル上に

(py27)

が表示されていないと使えない。

仮想環境の立ち上げのコマンドは

source ~/Analysis/py27/bin/activate

※virtualenvをインストールした場所を指定

で、仮想環境を終わらせたいときは

deactivate

と打てば終了できる。